1、改变病原微生物细胞膜的通透性：表面活性剂、酚类及醇类可导致胞浆膜结构紊乱并干扰其正常功能。使小分子代谢物质溢出胞外，影响细胞传递活性和能量代谢，甚至引起细胞破裂。
2、干扰、破坏病原微生物的酶系统，许多消毒剂能破坏微生物的酶系统，从而影响微生物的代谢，发生抑菌和杀菌作用。如某些氧化剂和重金属盐类能与细菌的巯基结合并使之失去活性。
3、使病原微生物的蛋白质凝固、变性酸、碱和醇类等有机溶剂可改变蛋白构型而扰乱多肽链的折叠方式，造成蛋白发生不可逆的变性、凝固，导致结构蛋白和功能蛋白都遭受严重破坏。如乙醇、大多数重金属盐、氧化剂、醛类、染料和酸碱等。